Para dejar nuestro desarrollo con un toque más profesional, simplemente añadimos en la raíz de nuestro sitio un archivo llamado .htaccess con el siguiente contenido y problema resuelto.

CODEIGNITER 3

RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php?/$0 [PT,L]

Además debemos modificar el archivo application/config/config.php reemplazando la línea que dice

$config['index_page'] = 'index.php';

Por esto otro:

$config['index_page'] = '';

Eso es todo, ahora las URLs de nuestra aplicación serán limpias sin ese index.php agregado en medio.

www.misitio.com/controller/metodo

CODEIGNITER 4

<IfModule mod_rewrite.c>
# That was ONLY to protect you from 500 errors
# if your server did not have mod_rewrite enabled

RewriteEngine On
# RewriteBase /
# NOT needed unless you're using mod_alias to redirect

RewriteCond %{REQUEST_URI} !/public
RewriteRule ^(.*)$ public/$1 [L]
# Direct all requests to /public folder

</IfModule>